El Museo del Café, además de ser una de las principales instituciones responsables por la preservación de la historia del café en Brasil, es referencia de calidad en la comercialización del producto, por medio de su cafetería. Con flujo diario de 600 personas y venta de aproximadamente 450 jícaras de café por día, la Cafetería del Museo es premiada por la Asociación Brasileña de la Industria de Café (Abic) con el estatus Premium, en el programa de abarcamiento nacional Círculo del Café de Calidad. Recibió también por siete años consecutivos (2007-2013) el título de Mejor Cafetería de la Baixada Santista de la revista Veja.
Por ésos y tantos otros motivos, la Cafetería del Museo es parada obligatoria para turistas y moradores de la región que pasan por el Centro Histórico de Santos. Localizada en el piso térreo del edificio de la Bolsa Oficial de Café, la Cafetería del Museo ofrece un ambiente agradable y cómodo, ideal para saborear un buen café. Su menú va muy además del tradicional expreso. Son diversas opciones de bebidas calientes y heladas, bebidas y dulces a base de café, bocadillos y salados, además de cafés de las más variadas regiones productoras, para saborear en la hora o llevar para casa.